インターネットで調べてみたところ、似た症状の方がいました。
参考にしたサイト

1.  人力検索はてな-Windows XPを使っているのですが、シャットダウンに時間がかかるようなってきました。特に「システムの設定を保存しています」の時間が非常に長くなったように思われます。
2. Tanablog: Windows のシャットダウンに時間がかかる
3. プロファイルのアンロードに関する問題のトラブルシューティング

私の場合も、イベント ビューアのアプリケーションログにイベントID：1517がありました。
よって、以下のページから「UPHClean-Setup.msi」をダウンロードしてインストールすることにしました。
　Download details: User Profile Hive Cleanup Service

結果的には、２，３分かかってた「システムの設定を保存してます」が10秒程度に短縮されました。
解決です！

—–
上記情報のご利用は、ご自分の責任でご対応願います。